Fala Lourenzão!
Para busca da wiki funcionar legal, foi necessário adicionar uma a flag [QSA] no "rewriterule" do htaccess que significa QueryStringAppend. Acredito que dessa forma, o index.
A linha do htaccess ficou assim:

RewriteRule ^(.*) index.php?title=$1 [QSA]

A solução peguei deste fórum:
http://forum.dreamhosters.com/3rdparty/27529-MediaWiki-.htaccess-Solutio...

E o significado da flag aqui:
http://httpd.apache.org/docs/1.3/mod/mod_rewrite.html

Abraço!